Tất cả các giấy phép cho phần mềm tự do được cấp để đảm bảo cho người sử dụng toàn bộ các quyền lợi trên.Tuy nhiên nếu trong trường hợp giấy phép không cho phép kết hợp các phần mềm tương thích thì việc tổng hợp hai phần mềm bằng phương thức cộng gộp mã nguồn sẽ bị gây trở ngại trên vấn đề pháp lý của giấy phép. Nhưng việc tổng hợp chương trình không trực tiếp có thể giải quyết vấn đề này.

Phần lớn các phần mềm tự do đều sử có những loại giấy phép nhất định, thông thường là:

• Giấy phép Công cộng GNU
• GNU Lesser General Public License
• Giấy phép BSD
• Giấy phép Công cộng Mozilla
• Giấy phép MIT
• Giấy phép Apache

FSF và Open Source Initiative công bố các loại giấy phép đáp ứng theo định nghĩa riêng của họ về phần mềm mở và phần mềm tự do.

• List of FSF approved software licenses
• List of OSI approved software licenses

Danh sách giấy phép của FSF không có nhiều tính bắt buộc: các giấy phép tự do đang có thể không cần phải được chứng thực bởi FSF, nó có thể là giấy phép mà FSF không biết tới hay không đủ tầm quan trọng để đề cập đến nó, và có nghĩa là chính giấy phép này cũng có thể tự do nằm ngoài danh sách của FSF. Nhưng ngược lại danh sách OSI chỉ đề cập đến các giấy phép đã đăng ký, xem xết và công nhận và tất cả các giấy phép này đều phải đáp đạt tiêu chuẩn của Open Source Definition.

Trường hợp mà một giấy phép đạt chuẩn FSF lại không đạt chuẩn định nghĩa nguồn mở Open Source Definition ít khi xay ra nhưng điều ngược lại thì không hoàn toàn đúng (ví dụ như Netscape Public License dùng cho các phiên bản đầu tiên của Mozilla NASA Open Source Agreement đều là giấy phép được OSI chứng nhận nhưng không liên hệ với FSF)